พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงโปรดให้สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์(ดิศ บุนนาค) เป็นขุนนางได้อวยยศเทียบเท่าเจ้า (สมเด็จเจ้าพระยา) เป็นแม่กอง ให้ขุดคลองเจดีย์บูชาขึ้นมา เพื่อลดระยะเวลาในการเดินทางเรือ แต่ในขณะเดียวกันท่านขุดคลองเจดีย์บูชาได้เวลา 3 ปี สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์ได้ถึงแก่พิราลัยในวันที่ 26 เมษายน พ.ศ. 2398 ขณะอายุ 67 ปี ด้วยสาเหตุเป็นแผลที่หลังเท้าซ้ายจากการถูกเสี้ยนตำ เป็นพิษลามจนถึงแก่ชีวิต พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว จึงโปรดให้บุตรของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์ (ดิศ บุนนาค) มีนามว่าสมเด็จเจ้าพระยาทิพากรวงศ์มหาโกษาธิบดี (ขำ บุนนาค) เป็นแม่กอง ให้ขุดคลองตั้งแต่แม่น้ำท่าจีนหรือแม่น้ำนครชัยศรีที่บ้านท่านาไปจนถึงบริเวณ องค์พระปฐมเจดีย์ ผ่านพระราชวังที่พระองค์โปรดเกล้า ฯ ให้สร้างใหม่เลยไปจนถึงวัดพระงาม ความยาวทั้งสิ้น 448 เส้น การขุดคลองสายนี้จ้างชาวจีนก่อสร้างและชาวมอญทำอิฐ ใช้เงินทั้งสิ้น 64,363 บาท เพื่อเป็นเส้นทางเรือขนส่งอุปกรณ์ในการก่อสร้างองค์พระปฐมเจดีย์และเป็นเส้นทางของประชาชนที่จะเดินทางไปกราบไหว้นมัสการองค์พระปฐมเจดีย์ตลอดจนใช้เดินทางในชีวิตประจำวันได้สะดวก พี่วรวุฒิ วีระชิงไชย (อดีตอาจารย์สอนพิเศษมหาวิยาลัยราชภัฏนครปฐมและมหาวิทยาลัยศิลปากร, 2566) กล่าวว่า ราษฎรในบริเวณใกล้เคียงสามารถนำสินค้ามาขายบริเวณองค์พระปฐมเจดีย์ได้สะดวกยิ่งขึ้น นอกจากนี้ยังเป็นเส้นทางสำคัญในการขนส่งอ้อย น้ำตาล และผลผลิตจากการเกษตรอีกด้วย ดังนั้นคลองขุดใหม่แขวงนครชัยศรีปากคลองอยู่กับท้ายบ้านท่านา ปลายคลองจดพระปฐมเจดีย์นั้น พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระราชทานนามว่า คลองเจดีย์บูชา เพื่อจะให้เป็นเส้นทางบูชาพระเจดีย์