สงครามแย่งพระบรมสารีริกธาตุก็ทำท่าจะเกิดขึ้น แต่พอดีท่านผู้หนึ่งซึ่งชื่อ 'โทณพราหมณ์' ได้ระงับสงครามไว้เสียก่อน โทณพราหมณ์อยู่ในเมืองกุสินารา ตามประวัติแจ้งว่าเป็นผู้เฉลียดฉลาดในการพูด เป็นที่เคารพนับถือของบรรดาเจ้านคร และเป็นผู้มีชื่อเสียงในเรื่องเกียรติคุณ ได้ระงับสงครามไว้เสียทัน โดยได้ปราศรัยให้ที่ประชุมฟังว่า
"พระพุทธเจ้าเป็นผู้ทรงสรรเสริญขันติธรรมและสามัคคีธรรม แล้วเราทั้งหลายจะมาทะเลาะวิวาททำสงครามกันเพราะพระบรมสารีริกธาตุเป็นเหตุทำไม มาแบ่งกันให้ได้เท่า ๆ กันดีกว่า พระบรมสารีริกธาตุจักได้แพร่หลายและเป็นประโยชน์แก่มหาชนทั่วโลก"
ที่ประชุมเลยตกลงกันได้ โทณพราหมณ์จึงทำหน้าที่แบ่งพระบรมสารีริกธาตุออกเป็น ๘ ส่วนโดยใช้ตุมพะ คือทะนานทองเป็นเครื่องตวง ให้เจ้านครทั้ง ๗ คนละส่วน เป็น ๗ ส่วน อีกส่วนหนึ่งเป็นของเจ้านครกุสินารา แล้วเจ้านครทั้งหมดต่างอัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุนั้นไปเป็นที่ระลึก แล้วนำไปบรรจุไว้ในสถูปต่างหาก การแจกพระบรมสารีริกธาตุก็เสร็จสิ้นสุดลงด้วยความเรียบร้อย
ในส่วนตำนานของพระประโทนเจดีย์นี้ ตามตำนานเล่าสืบกันมาว่า ตำบลประโทณ เป็นที่อยู่ของพรามหณ์ตระกูลหนึ่ง เรียกว่า"โทณพราหมณ์" เข้าใจว่าพราหมณ์ตระกูลนี้มาจากอินเดียมาทำการค้าขายในสุวรรณภูมิแล้วตั้งรกรากอยู่ที่นี่ พราหมณ์ตระกูลนี้ได้นำ "ทะนานทอง" ที่ใช้ดวงพระบรมสารีริกธาตุมาด้วย ได้สร้างเรือนหินเป็นที่เก็บรักษาทะนานทองและยังมีเรือนหินอีกแห่งหนึ่ง ซึ่งอยู่ริมถนนเพชรเกษมทางด้านทิศเหนือกิโลเมตรที่ ๕๓ - ๕๔ เป็นโบราณสถานที่มีซากปรักหักพังมีกองอิฐขนาดใหญ่เป็นเนินสูงกว่าระดับ 2 - 3 วา เมื่อสมัยรัชกาลที่ ๖ ได้มาสร้างตำหนักส่วนราชฤดีที่ใกล้วัดพระประโทณ ได้ขนอิฐหักเศษปูนมาถมทำถนน ที่ตัดจากนครปฐมไปสู่ตำหนักวัดพระประโทณเป็นจำนวนมาก ตามตำนานเล่าว่าเมื่อ พ.ศ.๑๑๓๓ ท้าวศรีสิทธิชัยพรหมเทพ ผู้สร้างเมืองนครชัยศรีได้ขอทะนานทองจากพราหมณ์ตระกูลนี้เพื่อจะส่งไป แลกเปลี่ยนกับพระบรมสารีริกธาตุ จากพระเจ้าแผ่นดินลังกา จำนวนหนึ่งทะนาน แต่ได้รับการปฏิเสธ เพราะถือเป็นของสูงศักดิ์สิทธิ์ที่เหลืออยู่อย่างเดียวที่บรรพบุรุษนำข้ามทะเลมาจากอินเดีย ท้าวศรีสิทธิชัยได้ทำสัญญากับทางลังกาไปแล้ว และต้องการพระบรมสารีริกธาตุมา จึงยกรี้พลไปแย่งเอาทะนานทองมาจนได้ และส่งไปลังกาเพื่อแลกพระบรมสารีริกธาตุตามสัญญา หลังจากนั้น ท้าวศรีสิทธิชัยได้สร้างพระปฐมไสยาสน์องค์หนึ่ง ใหญ่ยาวมหึมาหรือจะเป็นพระปฐมเจดีย์ไม่แน่ชัด แล้วนำพระบรมสารีริกธาตุมาบรรจุไว้เมื่อพุทธศักราชล่วงได้ ๑๑๙๙ พรรษา พระเจ้ากะวรรณดิศราชเจ้าเมืองละโว้ได้ก่อพระเจดีย์ล้อมเรือนศิลาที่บรรจุทะนานทองแล้ว ให้นามว่า พระประโทณเจดีย์
เจดีย์องค์นี้สูง ๕๐ เมตร ฐานสี่เหลี่ยมกว้างด้านละ ๖๐ เมตร ก่อเพิ่มเติมสมัยรัชกาลที่ ๔ ต่อมา
เกือบ ๑๐๐ ปีมานี้ องค์สถูปเจดีย์ชำรุดทรุดโทรมลง หลวงกรมการ (พ่วง) และนางวัง กรรมการ (พริ้ง) สุวรรณรัตน์ได้สร้างยอดและทะนานจำลองขึ้นที่กรุงเทพฯ ส่วนพระเขี้ยวแก้วนั้นสร้างจำลองและอัญเชิญมาจากลังกาครั้งพระเจ้าปฤษฏางค์ เสด็จไปราชการที่เมืองลังกา ท่านทั้งสองรักใคร่กับพระองค์มากจึงขอพระเขี้ยวแก้วมาให้ขณะนี้ประดิษฐานอยู่ในพระอุโบสถพระประโทณเจดีย์เป็นของคู่มากับ องค์พระปฐมเจดีย์ จากหลักฐานเอกสาร เรื่องพระประโทณเจดีย์ เมื่อวันที่ ๒๔ กุมภาพันธ์ ๒๕๑๓ หม่อมเจ้าสุภัทรดิสดิศกุลทรงบรรยายให้คณะโบราณคดีว่าได้ ค้นพบศิลปทวารวดีที่เมืองนครปฐมเป็นอันมากซึ่งแสดงถึงการได้รับอิทธิพลมาจากศิลปอินเดียแบบคุปตะ และหลังคุปตะแต่ตัวเมืองถึงค้นไม่พบ ต่อเมื่อมีการศึกษาจากภาพถ่ายทางอากาศก็สันนิษฐานว่าเมืองโบราณ ที่นครปฐมนั้นตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกของพระปฐมเจดีย์ ในปัจจุบันคือตั้งอยู่บริเวณพระประโทณเจดีย์นี่เอง มีเจดีย์พระประโทณเป็นศูนย์กลางส่วนพระปฐมเจดีย์นั้นอยู่นอกเมืองเพราะเป็นศาสนาสถาน ซึ่งต้องการความสงบเงียบ ท่านกล่าวว่าที่ว่าเมืองสมัยทวารวดีซึ่งนครปฐมอยู่ตรงนี้นั้นเพราะได้ค้นพบร่องรอยมีคูล้อมรอบตัวเมืองรูปไข่